Kalkulator Berat Molekul Protein

Kategori: Biologi
- April 23, 2025
| |
0
Sah

Berat molekul protein dikira menggunakan jumlah purata jisim isotop bagi residu asid amino:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Di mana:

  • \(n_i\) = Bilangan setiap asid amino dalam urutan
  • \(MW_i\) = Berat molekul setiap asid amino
  • \(n_{peptide}\) = Jumlah bilangan ikatan peptida
  • \(MW_{H_2O}\) = Berat molekul molekul air (18.02 Da)

Apa itu Kalkulator Berat Molekul Protein?

Kalkulator Berat Molekul Protein membantu menentukan berat molekul protein berdasarkan urutan atau komposisi asid amino. Ia juga mengira sifat tambahan seperti titik isoelektrik teoritis (pI), pekali pemadaman, hidrofobik (skor GRAVY), dan cas bersih pada pH 7.

Bagaimana untuk Menggunakan Kalkulator

Kalkulator menawarkan pelbagai cara untuk memasukkan data protein:

  • Kaedah Urutan: Masukkan urutan protein menggunakan kod asid amino satu huruf.
  • Kaedah Komposisi: Masukkan secara manual bilangan setiap asid amino.
  • Opsyen Lanjutan: Terapkan pengubahsuaian seperti asetilasi, ikatan disulfida, atau pengubahsuaian terminal.

Ciri Utama

  • Mengira berat molekul dalam Dalton (Da) dan kilodalton (kDa).
  • Menentukan pI teoritis berdasarkan nilai pKa asid amino.
  • Mengira pekali pemadaman untuk serapan UV pada 280 nm.
  • Anggarkan hidrofobik menggunakan skor GRAVY.
  • Mengambil kira pengubahsuaian khusus seperti fosforilasi, metilasi, dan amidasi.

Kenapa Berat Molekul Protein Penting?

Mengetahui berat molekul protein adalah penting untuk:

  • Analisis elektroforesis (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Pengenalan spektrometri jisim.
  • Pemurnian protein dan kromatografi.
  • Kajian struktur dan fungsi.

Soalan Lazim

Bagaimana pI teoritis dikira?

Titik isoelektrik (pI) adalah pH di mana protein tidak mempunyai cas bersih. Ia dikira menggunakan persamaan Henderson-Hasselbalch:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Apa itu pekali pemadaman?

Pekali pemadaman dikira menggunakan bilangan residu triptofan (W), tirosin (Y), dan sistin (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Bagaimana kalkulator mengendalikan pengubahsuaian?

Kalkulator membolehkan anda menerapkan pelbagai pengubahsuaian pasca-translasi, yang ditambah atau ditolak daripada berat molekul protein.

Apa itu skor GRAVY?

Skor Grand Average of Hydropathy (GRAVY) adalah ukuran hidrofobik protein. Ia dikira sebagai:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Kenapa molekul air dimasukkan dalam pengiraan?

Setiap pembentukan ikatan peptida mengakibatkan kehilangan satu molekul air, jadi jumlah jisim disesuaikan dengan sewajarnya.

Kesimpulan

Kalkulator Berat Molekul Protein adalah alat yang berharga untuk penyelidik dan pelajar dalam biokimia dan biologi molekul. Sama ada menganalisis struktur protein, menjalankan eksperimen, atau mentafsir hasil, alat ini menyediakan sifat molekul yang penting dengan cepat dan tepat.